تطبق مدرسة البشائر الخاصة منهاج وزارة التربية والتعليم المرخص من قبل مجلس أبوظبي للتعليم ، كما تتبع التغييرات التي يقوم المجلس
بتعديلها أو حذفها أو إضافتها ، والتي من شأنها تلبية احتياجات جميع الطلبة
كما تقوم المدرسة بتدريس المواد الإلزامية الثلاثة الدراسات الإسلامية واللغة العربية والدراسات الاجتماعية وفقًا لمنهج وزارة التربية والتعليم​
والهدف من تطبيق منهج الوزارة هو تطبيق منهج تعليمي شامل ومتوازن يحقق المعايير العالمية في التعليم ويُعزز الشخصية الإسلامية والعربية والهوية الوطنية
من خلال تدريس المواد الإلزامية وفق ما تم تحديده من قبل مجلس أبو ظبي للتعليم 
​